home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / RasMol2 / ChangeLog.4 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-28  |  12.8 KB  |  287 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1. [06/06/94]    raswin.c rasmol.h molecule.c render.c
  2.         Completed port of RasMol v2.4 to Windows NT. Thanks to
  3.         David Stranz and David Digby.
  4.  
  5. [05/06/94]    outfile.c
  6.         Corrected bug in generating Vector Postscript in RasWin,
  7.                 resulting in the image appearing inverted on the page.
  8.                 Thanks to Tomasz Heyduk.
  9.  
  10. [01/06/94]      raswin.c raswin.rc raswin.idm
  11.                 Added CHARMm format files to the RasWin file open dialog box
  12.                 and added the "Strands" menu item to the "Display" menu.
  13.  
  14. [01/06/94]      outfile.c transfor.c transfor.h
  15.                 Optimised representation of molecule in generated RasMol
  16.                 script files by detecting "cpk" colours and VdW radius.
  17.  
  18. [31/05/94]      outfile.c
  19.                 Added complete support for writing out the current molecule
  20.                 representation in a RasMol script file using "write script".
  21.  
  22. [31/05/94]      molecule.c transfor.c
  23.                 Improved lazy calculation of hydrogen bonding and disulphide
  24.                 bridges, hence "hbonds off" and "colour hbonds none" no longer
  25.                 force evaluation.
  26.  
  27. [27/05/94]      command.c render.c transfor.c
  28.                 Modified the DisplayRibbon routine to allow the simultaneous
  29.                 display of strands and ribbons. Removed the "set ribbons"
  30.                 command and replaced it with "ribbons" and "strands".
  31.  
  32. [26/05/94]      transfor.c render.c
  33.                 Changed the way that ribbons are selected and rendered in
  34.                 different colours. This brings the ribbon rendering in line
  35.                 with alpha carbon position and colouring.
  36.  
  37. [23/05/94]      molecule.c
  38.                 Corrected bug in LoadAlchemyMolecule that resulted in molecules
  39.                 having the wrong chirality. Thanks to Mikhail Matrosovich.
  40.  
  41. [20/05/94]      outfile.c
  42.                 Improved the Molscript script file interface. The RasMol
  43.                 "write molscript" command now stores the scaling, translation
  44.                 and slabbing (z-clipping) information. Thanks to Kevin Gardner.
  45.  
  46. [20/05/94]      raswin.c
  47.                 Corrected bug that caused the DIB copied to the clipboard or
  48.                 DDE'ed to another application to have the wrong colour map.
  49.  
  50. [19/05/94]      molecule.c
  51.                 Corrected bug in RasMol that caused it to report far too many
  52.                 ladders in DSSP. Changed references to "Ladders" to "Strands".
  53.  
  54. [19/05/94]      molecule.c molecule.h command.c tokens.h
  55.                 Added support for CHARMm format co-ordinate files. Thanks to 
  56.                 Charles Brooks.
  57.  
  58. [18/05/94]      molecule.c
  59.                 Removed interchain bonding. This makes loading a multi-chain
  60.                 protein faster and allows for RMS fitting with RasMol.
  61.  
  62. [18/05/94]      command.c tokens.h transfor.c transfor.h render.c pixutils.c
  63.                 Added a second colour to RasMol strands ribbons. Hence, the
  64.                 command "colour ribbons1 blue" and "colour ribbons2 red" 
  65.                 draws blue ribbons with the outmost stands in red.
  66.  
  67. [17/05/94]      command.c render.c render.h
  68.                 Renamed the command "set dots" to "set radius" and added the
  69.                 command "set solvent" which controls the dot surface as 
  70.                 either VDW or solvent accessible. The radius controls either
  71.                 the VDW radius or the Solvent Probe Sphere radius.
  72.  
  73. [16/05/94]      raswin.c
  74.         Added scroll bar and terminal history to the RasMol command 
  75.                 line window. Improved scrolling in resized windows.
  76.  
  77. [12/05/94]      raswin.c rasmol.c mswin31.c transfor.c
  78.                 Corrected bug in RasMol that resulted in the "specular",
  79.                 "specpower" and "ambient" parameters not being reset by a
  80.                 RasMol "zap" command and fixed initial RasWin CMap.
  81.  
  82. [12/05/94]      command.c tokens.h abstree.c abstree.h
  83.                 Added the atom property "elemno" that uniquely identifies
  84.                 each atoms element type, hence "select elemno=26" identifies
  85.                 all sulphur atoms.
  86.  
  87. [12/05/94]      molecule.c
  88.                 Added a test to check if the PDB x, y and z co-ordinates of
  89.                 an atom are 9999.000 indicating an XPLOR pseudo atom. Thanks
  90.                 to Chris Littler and Harren Jhoti.
  91.  
  92. [11/05/94]      command.c render.c render.h
  93.                 Added the command "set dots <value>" to set the probe
  94.                 sphere radius for calculating the solvent accessible 
  95.                 surface of a protein.
  96.  
  97. [11/05/94]      render.c
  98.                 Corrected bug when drawing thin cylinders since the change
  99.                 to DrawTwinLine for axes, bounding box and unit cell.
  100.  
  101. [10/05/94]      raswin.c
  102.                 Corrected bug in the DDE formating of the picked atoms
  103.                 co-ordinates.
  104.  
  105. [10/05/94]      molecule.c
  106.                 Fixed bug in RasMol that incorrectly determined the lowest
  107.                 residue number in PDB files that are unordered. Thanks to
  108.                 Ken Davis.
  109.  
  110. [09/05/94]    molecule.c molecule.h command.c render.c tokens.h
  111.                 Fully implemented the RasMol commands "set unitcell" and
  112.                 "show symmetry", these now take the crystal symmetry 
  113.                 information from the CRYST1 record of a PDB file.
  114.  
  115. [03/05/94]      render.c
  116.         Corrected RasWin problem in DisplayRibbon caused by rounding
  117.         when interpolating Z-coordinates with large ZOffset.
  118.  
  119. [03/05/94]      transfor.c
  120.         Corrected RasWin overflow bug in ScaleColourAttrib that 
  121.                 caused `hot' atoms to be displayed black instead of red.
  122.  
  123. [03/05/94]      rasmol.doc
  124.                 Corrected several typographic mistakes and errors within
  125.                 the rasmol documentation. Thanks to Naoum Salame.
  126.  
  127. [29/04/94]      raswin.c mswin31.c
  128.                 Managed to trace a RasWin colour map initialisation problem
  129.                 that occasionally caused RasWin to crash with a GDI error or
  130.                 start with wrong colour background. Thanks to Dave Digby.
  131.  
  132. [28/04/94]    x11win.c
  133.                 Corrected buffer char types in x11win.c that were causing
  134.                 warnings on pedantic compilers. Thanks to Ethan Merritt.
  135.  
  136. [20/04/94]      outfile.c
  137.         Added support for vector PostScript output of dot surfaces.
  138.  
  139. [20/04/94]    render.c render.h command.c transfor.c transfor.h tokens.h
  140.                 Added a Van der Waals dot surface representation to RasMol.
  141.                 The command "dots <boolean>" enables and disables a dot
  142.         surface of the currently selected atoms. "dots <value>" can
  143.         control the dot density, "colour dots" colours the whole
  144.                 dot surface a given colour [the default is taken from atoms]
  145.  
  146. [20/04/94]      rasmol.c
  147.                 Corrected bug with including <unistd.h> on Evans & Sutherland
  148.         ESV workstations.
  149.  
  150. [19/04/94]      render.c
  151.                 Solved a bug in IdentifyAtom that refused to identify picked
  152.         non-connected atoms when bonds are being displayed.
  153.  
  154. [19/04/94]    molecule.c
  155.         Corrected bug in loading alchemy format files. Atom serial
  156.                 numbers were incorrect resulting in incorrect bonding. Thanks
  157.         to Ben Gaskins.
  158.  
  159. [18/04/94]    render.c render.h tokens.h command.c
  160.                 Added the commands "set axes" and "set boundingbox" to display
  161.         the co-ordinate axes and molecule bounding box on screen.
  162.  
  163. [18/04/94]    pixutils.c
  164.         Corrected bug in routines `ClipLine' and `ClipVector' which
  165.         caused lines that clipped the bottom of the screen to bend.
  166.  
  167. [18/04/94]    raswin.c
  168.         Corrected bug in the DDE transfer of CF_DIB objects for the
  169.         DDE "Image" item. Thanks to Dave Digby and Ken Davis.
  170.  
  171. [15/04/94]    rasmol.c raswin.c abstree.h transfor.c molecule.c molecule.h
  172.                 Better support for the display of small molecules. Smaller
  173.                 bond cylinder radius for `sticks' images of molecules with
  174.                 less than 256 atoms, and use unadjusted Van der Waals radius 
  175.                 for molecules containing explicit hydrogen atoms.
  176.  
  177. [15/04/94]      molecule.c
  178.                 RasMol now uses the connectivity specified in PDB CONECT
  179.                 records when displaying molecules with less than 256 atoms,
  180.                 i.e. small compounds. Thanks to Brian Dunford-Shore.
  181.  
  182. [14/04/94]      rasmol.h raswin.c
  183.                 Extended the range of items exported by DDE to include the
  184.                 picked atom's co-ordinates and the image being drawn on
  185.                 the screen (transfered as CF_DIB).
  186.  
  187. [13/04/94]      raswin.c
  188.                 Improved the processing of WM_SIZE handling by increasing
  189.         XRange to be long aligned rather than decreasing it. This
  190.                 avoids the occasional black line down the side of the screen.
  191.  
  192. [13/04/94]      transfor.c
  193.                 Corrected bug in transfor.c that cleared more entries in
  194.                 in the StructShade table than there were. This sometimes
  195.                 caused RasMol to crash later during keyword lookup.
  196.  
  197. [12/04/94]    rasmol.c
  198.         Changed the TERMIOS handling section to support FreeBSD1.1
  199.         using XFree2.x. Special thanks to Pedro A M Vazquez.
  200.  
  201. [11/04/94]    molecule.c
  202.         Corrected bug in RasMol that caused residues with different
  203.         insertion codes to be placed in the same group. They're now
  204.         placed in consecutive Groups but with the same serial number
  205.         hence may be "renumbered". Thanks to Anne Cleasby.
  206.  
  207. [07/04/94]      molecule.c
  208.                 Corrected bug in sizing molecule read from an MDL Mol file.
  209.  
  210. [05/04/94]      molecule.c molecule.h command.c tokens.h raswin.c rasmol.c
  211.                 Added support for reading in files in Molecular Design Ltd's
  212.                 (MDL) Mol file format.
  213.  
  214. [30/03/94]      rasmol.doc
  215.                 Corrected HTML bug that caused the NCSA PC Mosiaic viewer to
  216.                 crash when displaying rasmol.html.
  217.  
  218. [28/03/94]      pixutils.c
  219.                 Corrected a bug in RenderPolygon that caused a floating point
  220.                 division by zero error and huge/far segment problems on the 
  221.                 IBM PC.
  222.  
  223. [25/03/94]      outfile.c
  224.                 Finished implementing correctly intersecting spheres when
  225.                 outputing vector postscript. However, this may cause
  226.                 problems for low memory laser printers.
  227.  
  228. [23/03/94]      transfor.c
  229.                 Corrected bug that set the default scale too large for very
  230.                 small molecules.
  231.  
  232. [22/03/94]      molecule.c
  233.                 Handle incompletely specificed @<TRIPOS>MOLECULE records in
  234.                 Sybyl Mol2 files such as those exported from InSight. Handle
  235.                 `small molecule' atom names (containing serial numbers) in 
  236.                 PDB files. Thanks to Martin Hargreaves
  237.  
  238. [18/03/94]      pixutils.c
  239.                 Improved the polygon rendering algorithm. RasMol now displays
  240.                 solid ribbons as gouraud rather than constant normal shaded
  241.                 polygons.
  242.  
  243. [18/03/94]      rasmol.c
  244.                 Added the command line options "-pdb", "-alchemy", "-mol2"
  245.                 and "-xyz" to specify the format of the file given on the
  246.                 command line.
  247.  
  248. [17/03/94]      molecule.h command.h
  249.                 Increased the maximum filename length from 80 to 256 chars.
  250.  
  251. [15/03/94]      outfile.c outfile.c command.c
  252.                 Improved the quality of "vectps" output. RasMol now correctly
  253.                 handles intersection of spheres in vector PostScript output.
  254.                 The use of `cartoon' outlines is now controlled by the
  255.                 "set vectps <boolean>" command.
  256.  
  257. [14/03/94]      x11win.c
  258.                 Change Visual detection code for 24bit and 32bit displays to
  259.                 support both TrueColor and DirectColor. This adds support for
  260.                 the HP 735 CRX-24. Special Thanks to Thomas Lew.
  261.  
  262. [11/03/94]      outfile.c
  263.                 Improved speed of vector PostScript printing by performing
  264.                 sphere and bond culling before sorting/generating output.
  265.  
  266. [11/03/94]      molecule.c molecule.h command.c tokens.h raswin.c
  267.                 Added support for MSC XMOL's XYZ format files.
  268.  
  269. [10/03/94]      molecule.c molecule.h command.c tokens.h raswin.c
  270.                 Added support for Sybyl .mol2 file format for reading in
  271.                 a file (i.e. "load mol2"). Read small molecule connectivity
  272.                 from "alchemy" and "mol2" files, if it exists.
  273.  
  274. [09/03/94]      x11win.c
  275.                 Allow the EIGHTBIT version of RasMol to display on 8-bit
  276.                 grey-scale X displays. Special thanks to Gerald Loeffler.
  277.  
  278. [09/03/94]      molecule.c
  279.                 Allow backbone traces to be drawn to unknown residues
  280.                 that contain an alpha carbon.
  281.  
  282. [04/03/94]      !Announced the public release of RasMol and RasWin version
  283.                 2.3, available by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  284.                 [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The announcement
  285.                 was made in both bionet.software, bionet.announce, sci.bio,
  286.                 sci.chem, comp.graphics.visualisation newsgroups.
  287.